Masjid Baiturrahman yang menjadi pusat dari seluruh kegiatan keislaman (Masjid Agung) untuk kabupaten Gorontalo tereltak di Pusat Limboto. Konsep yang diusung oleh Masjid Agung Baiturrahman Limboto ini memadukan dua unsuar arisitektural yang berbeda, yaitu arsitektural Nusantara dan Arab. Perpaduan tersebut dapat kita lihat dengan jelas dari bagian atap yang berbentuk Limasan (Joglo) dilengkapi dengan 7 kubah berbentuk bulat di sekelilingnya.
Bangunannya bisa dibilang sangat unik, karena perbaduan bagian atas tersebut sangat serasi, bahkan seperti terlihat dunia modern melindungi dunia kuno. Bentuk khas masjid timur tengah dengan bangunan beton terlihat menegaskan kemegahan yang dimiliki oleh masjid ini. Sedangkan untuk bagian atap limasan menunjukkan bahwa budaya tradisional masih dipertahankan untuk mengingat-ingat serta melestarikan kebudayaan disaat zaman ini sudah tidak dihiraukan lagi.
Jenis kubah yang digunakan oleh Masjid Agung Baiturrahman Limboto ini adalah kubah jenis Panel Enamel, yaitu kubah paling umum yang digunakan oleh masjid-masjid modern saat ini. Perpaduan warnanya pun sangat atraktif, yaitu warna biru muda dipadukan dengan biru tua dan beberapa warna kalem lainnya. Sehingga, nilai intrinsik yang timbul dari perpaduan warna tersebut lebih terasa.
Kubah jenis Panel Enamel seperti ini memang lebih di gandrungi oleh generasi milenial saat ini, karena keindahan yang ditawarkan dapat dirubah-rubah sesuai selera. Artinya, corak ornamen, serta hiasan mozaik dapat disesuaikan dengan ciri khas masjid yang akan dibangun. Apalagi, dengan perpaduan warna yang unik dapat memperindah keseluruhan bangunannya, serta perawatannya pun terbilang cukup mudah daripada kubah beton.
Jika dilihat secara keseluruhan, terutama bagian eksterior masjidnya menggunakan kombinasi warna putih serta abu-abu muda. Sementara itu, bagian interior bangunannya lebih menampilkan kesederhanaan dengan tampilan budaya asli nusantara. Namun, untuk memberikan kesan megah pada ruang utamanya, diberikan sentuhan warna kuning keemasan tepat dibagian depan mihrabnya.
Selain itu, pada bagian mihrab juga dihiasi dengan beberapa relief dinding bermotif batik. Beberapa kaligrafi bermotif pun juga turut di implementasikan di ruangan mihrab, sehingga terasa perbedaan antara ruang imaman, dan ruang untuk makmum.
Sementara itu, disamping mihrab juga dilengkapi dengan sebuah mimbar kayu dengan ukiran-ukiran yang indah persis seperti mimbar di Masjid Ar-Raudah, yaitu sebuah mimbar yang pernah digunakan oleh Rasulullah SAW dalam berdakwah di Masjid Nabawi. Hal ini memang sengaja dilakukan, agar Masjid Agung Baiturrahman Limboto dapat memberikan manfaat yang sama dengan Masjid Kenabian Nabawi.
Dua tiang mimbarnya juga diukir dengan berbagai motif berbentuk segi lima, dan motif bunga-bunga sejumlah 5 buah. Jumlah 5 bunga tersebut merupakan sebuah simbol bahwa dulunya Gorontalo memiliki 5 kerajaan besar.
Pada hampir keseluruhan sudut bangunan ruang utamanya, jamaah akan disuguhi dengan pemandangan kaligrafi yang dibalut dengan warna hitam dan keemasan. Hal ini tentu saja semakin memperindah ruangannya, selain terlihat kuno, namun disisi lain juga terlihat kemegahannya.
Pada bagian tengah ruang utamanya terdapat 4 buah Soko Guru yang juga menjadi ciri khas bangunan lawas khas nusantara. Dibalik penciptaan 4 soko guru tersebut, ternyata ada sebuah filosofi bahwa 4 soko guru melambangkan 4 sahabat Nabi Muhammad SAW, sekaligus menjadi penopang utama pada saat dakwah agama islam pertama kali.
Dibagian atas 4 soko guru tersebut terdapat hiasan yang berwarna keemasan dengan bentuk bulat. Hal ini juga biasanya diterapkan pada bangunan-bangunan jaman dahulu. Secara keseluruhan, keindahan bangunan Masjid Agung Baiturrahman Limboto Gorontalo ini berasal dari perpaduan budayanya, bukan hanya budaya modern saja yang diimplementasikan, namun juga budaya tradisional juga tetap dipertahankan.