Raja Ampat adalah salah satu destinasi wisata alam menakjubkan yang dimiliki oleh Indonesia. Disebutkan bahwa Raja Ampat adalah surge dunia karena memang memiliki pemandangan indah dan mempesona. Air lautnya yang jernih dan terdapat banyak terumbu karang hidup disana. Kini Raja Ampat menjadi salah satu tujuan utama para wisatawan local dan mancanegara untuk menikmati keindahan alam. Meskipun lokasinya berada di Papua, namun tak sedikit orang yang mengunjungi Raja Ampat untuk merasakan keindahan yang menakjubkan tersebut. Terutama keindahan dari bawah lautnya yang jernih dan bersih menjadi daya tarik tersendiri bagi para penyelam. Bahkan keindahan dari pemandangan alam dan pemandangan dari bawah laut di Raja Ampat telah terkenal hingga ke dunia Internasional.
Masyarakat di Raja Ampat hidupnya sangat rukun dan memiliki toleransi tinggi meskipun mereka memiliki keyakinan yang berbeda. Bahkan di dalam satu keluarga atau marga terdapat anggota yang memeluk saah satu dari agama islam dan Kristen. Mereka juga sangat ramah ketika ada tamu dari luar yang sengaja mengunjungi Raja Ampat. Maka siapapun yang mengunjungi Raja Ampat merasa betah san senang ketika berada disana. Menurut data pada tahun 2011bahwa mayoritas penduduk Raja Ampat memeluk agama Kristen Protestan sebanyak 63%, agama Islam sekitar 32% dan 1% adalah pemeluk agama Katholik. Meskipun agama Islam disana bukan mayoritas, namun mereka sangat rukun dan memiliki toleransi tinggi terhadap masing-masing keyakinan yang dipilih.
Selain terkenal dengan destinasi wisata alam serta bawah laut, Raja Ampat juga memiliki bangunan tempat beribadah umat muslim yang luar biasa. Bangunan masjid tersebut bernama masjid Agung Waisai Raja Ampat. Sebenarnya nama dari masjid tersebut adalah masjid Agung Nurul Yaqin tetapi lebih terkenal dengan nama masjid Agung Waisai karena memang lokasinya berada di Waisai. Dilihat dari bangunannya, masjid Agung Waisai pada awalnya adalah sebuah bangunan masjid yang sederhana dengan nama masjid Nurul Yaqin. Pembangunan tersebut berasal dari hasil dana swadaya masyarakat pada tahun 2003 dan yang menjadi imam pertamanya adalah Bpk. Halimun Manam. Kemudian setelah beliau berusia lanjut lalu digantikan oleh Bpk H.M Hanaping.
Seiring dengan berjalannya waktu, maka masyarakat beragama islam semakin banyak dan masjid Nurul Yaqin pun tidak dapat menampung jumlah jamaah tersebut. Terutama pada saat melaksanakan shalat jum’at dan shalat tarawih jamaah masjid tersebut semakin meningkat. Lalu dibangunlah masjid Agung Nurul Yaqin Waisai di lokasi yang sama dengan diawali peletakan batu pertama pada tanggal 10 Januari 2006 lalu. Peletakan batu tersebut dilakukan oleh Wakil Bupati yang pada saat itu menjabat adalah Drs. Indah Arfan. Kemudian pada tahun 2008 masjid Agung Nurul Yaqin Waisai sudah dapat difungsikan sebagai tempat beribadah.
Bangunan masjid Agung Waisai luas keseluruhannya mencapai 1800 meter persegi yang didirikan di atas tanah wakaf seluas 30.000 meter persegi. Kini bangunan masjid yang baru tersebut dapat menampung jamaah hingga berkapasitas 1000 jamaah. Sebelum memasuki masjid megah tersebut, para jamaah atau pengunjung akan melewati gapura masjid yang begitu menarik dengan warna yang mencolok paduan warna dari biru muda dan hijau muda. Selain itu terdapat juga nama masjid Agung Waisai di gapura tersebut. Masjid Agung Waisai memiliki kubah utama yang lumayan besar dengan paduan warna biru tua dan biru muda disertai dengan garis geometris yang menarik. Masjid tersebut juga memiliki sebuah menara yang menjulang tinggi dengan kubah kecil di atas puncak menara.